Organizację Izby Celnej w Kielcach określa regulamin organizacyjny wprowadzony przez Dyrektora na podstawie § 3 ust. 1 Załącznika Nr 1 do Zarządzenia Nr 8 Ministra Finansów z dnia 22 kwietnia 2004 r. w sprawie nadania statutów izbom celnym i urzędom celnym (Dz. Urz. MF Nr 4 z dnia 29 kwietnia 2004r., poz. 21).

Na czele izby celnej stoi Dyrektor powoływany i odwoływany z tej funkcji przez ministra finansów.
Dyrektor odpowiedzialny jest za prawidłową i terminową realizację zadań izby i podległych urzędów celnych przed ministrem właściwym do spraw finansów publicznych.
Dyrektor wykonuje zadania przy pomocy zastępców, głównego księgowego, naczelników wydziałów, kierowników referatów i innych funkcjonariuszy celnych zatrudnionych na samodzielnych stanowiskach pracy.

Podstawowymi komórkami organizacyjnymi izby celnej podlegającymi bezpośrednio dyrektorowi, jego zastępcom lub głównemu księgowemu są: wydziały, referaty, wieloosobowe stanowiska pracy oraz jednoosobowe stanowiska pracy.

Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych komórek organizacyjnych znajdujących się w strukturze organizacyjnej Izby Celnej w Kielcach określa regulamin organizacyjny.